원래는 광둥성 샹산현[香山縣]에 속해 있었다. 1553년 포르투갈인들은 물에 젖은 화물을 말린다는 구실을 내세워 처음 마카오에 발을 들여 놓은 후 1557년 중국 관리자들에게 뇌물을 주고 마카오반도의 거주권을 획득하였다. 포르투갈은 1553년 대(對)중국 무역권을 획득하는 것과 동시에 마카오의 실질적인 사용권을 인정받고, 광둥의 중국 관리(官吏)로부터 도시건설허가를 얻었다.

1575년 로마 교황이 포르투갈 정부의 후원으로 그 곳에 마카오 관구(管區)를 설립하였다. 그후 마카오는 포르투갈의 대(對)아시아 진출을 위한 거점이 되는 동시에 1841년 영국이 홍콩에 식민지를 개설하기까지 중국과 서양의 유일한 교류기지가 되었다.

마카오를 거쳐 중국으로 전해진 문물은 그리스도교 외에 서양에서 발달한 천문학, 유클리드 기하학, 근대적인 지도투영법, 대포주조기술 등이 있고, 특히 동·서양의 지리적 지식교류에 커다란 역할을 한 마테오 리치도 마카오를 거쳐서 중국에 발을 들여놓았다.

아편전쟁으로 홍콩이 영국 식민지가 된 후, 아시아에서의 세력유지에 혈안이 된 포르투갈은 아오먼[澳門]반도 전역과 타이파·콜론 두 섬을 점령하고, 1887년 청(淸)·포르투갈조약을 맺어 그 지역에서 식민지 건설을 합법화하였다. 이후부터 마카오는 포르투갈의 식민지가 되었으나, 1951년 포르투갈의 헌법개정에 따라 해외주(海外州)'로 바뀌어 본국의 일부로 편입되었다.

따라서 본국 정부가 임명하는 총독의 통치하로 들어갔다. 1966년 중국에서 문화대혁명이 일어나 마카오 정청(政廳)과 현지의 중국인 간에 분쟁이 일어났다. 1973년 3월 ‘자치령’이 되고, 1979년 중국·포르투갈 간에 국교가 수립되어 1986년 베이징에서 마카오 반환협정을 체결하고, 1999년 12월 20일 중국은 마카오에 대한 주권을 회복하였다.

1995년 11월에는 홍콩의 카이타크공항과 대체할 수 있는 중국의 관문이 되기 위하여 타이파섬에 신공항을 건설하고 미국·유럽·아시아 각국과 22개의 항공협정을 체결하였다. 한국도 방콕 이원권(以遠權)을 포함한 일괄협정을 체결하였다. 1999년 12월 20일 중국에 정식으로 반환되어 홍콩에 이어 두번째로 중국의 특별행정구가 되었다.